植物病原细菌(Ralstonia solanacearum)染色体基因组分泌信号肽计算机分析

• 作者: 丁玉梅 周晓罡 孙茂林 张绍松 李建平
• 来源期刊: 西南农业学报
• 学科: 农学
• 关键词: Ralstonia solanacearum GMI1000 染色体基因组 分泌信号肽
• 年，卷（期）: 2008,（2）
• 所属期刊栏目: 植物保护·土壤肥料·土地规划
• 页码范围: 340-345
• 页数: 6页
• 分类号: S432.4
• 字数: 4076字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1001-4829.2008.02.021

摘要

应用SignalP 3.0、TMHMM 2.0、THUMBUP、big-PI、TargetP 1.01、Lipop 1.0、TatP 1.0等7种软件对植物病原细菌RalswnmsolanacearumGMI10000染色体基因组3448个氨基酸序列进行预测分析.结果表明,该物种染色体基因组分泌信号肤ORFs有178个,占其基因组编码ORFs的5.2%,其中有150个ORFs属于I型分泌信号肽,28个ORFs属于Ⅱ型分泌信号肤.在178个ORFs中具RR-motif信号肽结构的有13个,其中11个属于I型信号肽,2个属于Ⅱ型信号肽.通过软件预测未发现Come型信号肽与细菌素-信息素型信号肽结构.在染色体分泌信号肽ORFs中.有116个具可预测功能,其余62个为功能未知的推定蛋白.巴知功能主要集中于细胞代谢、细胞调控及转运、细胞膜结构等领域,这些功能是该物种在长期进化过程中与环境中各种因子发生互作,相互适应的结果. 78个,占其基因组编码ORFs的5.2%,其中有150个ORFs属于I型分泌信号肽,28个ORFs属于Ⅱ型分泌信号肤.在178个ORFs中具RR-motif信号肽结构的有13个,其中11个属于I型信 肽,2个属于Ⅱ型信号肽.通过软件预测未发现Come型信号肽与细菌素-信息素型信号肽结构.在染色体分泌信号肽ORFs中.有116个具可预测功能,其余62个为功能未知的推定蛋白.巴知功能主要集中于细胞代谢、细胞调控及转运、细胞膜结构等领域,这些功能是该物种在长期进化过程中与环境