三种粪便总DNA提取方法的比较

• 作者: PANG Xiao-yan ZHANG Bao-rang 申剑 赵立平 魏华
• 来源期刊: 中国微生态学杂志
• 学科: 医学
• 关键词: DNA提取 肠道菌群 变性剂梯度凝胶电泳
• 年，卷（期）: 2008,（1）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 28-30,35
• 页数: 4页
• 分类号: R378
• 字数: 3553字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1005-376X.2008.01.010

摘要

目的 比较不同粪便总DNA提取方法对肠道菌群多样性研究的影响.方法 采用Bead beating法、化学裂解法和QIAamp DNA Stool Mini Kit提取同一份人粪便样品的总DNA,对比3种方法的DNA得率和16SrRNA基因V3区的变性梯度凝胶电泳(DGGE)图谱.结果 Bead beating法的DNA得率约是其他2种方法的2倍;3种方法得到的DGGE图谱的Dice相似性为60%～70%,2条优势条带只出现在Bead beating法图谱中.在2～5min的Bead beating法击打时间里,DNA得率随击打时间的延长有一定的增加,但DGGE图谱无显著变化.结论 不同的DNA提取方法会影响菌群的多样性分析.比较其他2种方法,Bead beating的裂解效率更高,能够检测到更多种类的细菌,更合适肠道菌群组成的分子研究.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	赵立平	上海交通大学生命科学技术学院微生物分子生态学与基因组学实验室	82	1916	26.0	41.0
2	魏华	上海交通大学生命科学技术学院微生物分子生态学与基因组学实验室	9	67	5.0	8.0
3	申剑	上海交通大学生命科学技术学院微生物分子生态学与基因组学实验室	11	62	4.0	7.0
4	ZHANG Bao-rang	上海交通大学生命科学技术学院微生物分子生态学与基因组学实验室	1	24	1.0	1.0
5	PANG Xiao-yan	上海交通大学生命科学技术学院微生物分子生态学与基因组学实验室	1	24	1.0	1.0