16s rDNA序列分析在腹泻粪便标本菌群分析应用

• 作者: 叶长芸 孙强正 张守印 张集 徐建国 戎建荣 李振军 赵爱兰 金东
• 来源期刊: 中国人兽共患病学报
• 学科: 医学
• 关键词: 16srDNA 序列 粪便标本 菌群分析
• 年，卷（期）: 2008,（2）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 100-103
• 页数: 4页
• 分类号: R
• 字数: 3300字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1002-2694.2008.02.002

摘要

目的 应用16s rDNA序列分析方法 ,对临床实验室没有分离到已知病原菌的腹泻病人粪便标本进行菌群分析,为腹泻病人的病原学诊断提供线索.方法 根据细菌16s rDNA保守区序列设计通用引物,以腹泻病人粪便标本中的总DNA为模板, PCR扩增16s rDNA片段.将获得的片段克隆入T载体进行测序, 与数据库中发表序列的进行比对,判断标本中细菌的种类和比例;PCR扩增常见的五类致病性大肠杆菌的特征基因应用于排除诊断.结果 在3份粪便标本中,大肠杆菌为优势菌群 (所占比例分别为84%、65%和81%);其他种群细菌为拟杆菌属(Bacteroides)、柠檬酸杆菌属(Citrobacter)和普雷沃氏菌属(Prevotella)等;实验室常规培养方法 没有分离到常见的五类致病性大肠杆菌;PCR扩增没有发现常见的五类致病性大肠杆菌的特征基因.结论 引起三例病人腹泻的病原菌可能是一种新的大肠杆菌; 16s rDNA序列分析方法 可应用于腹泻粪便标本菌群分析,为常规的病原培养方法 提供补充,对疾病的诊断提供线索.