小型猪CYP3A88基因克隆与其他动物的序列比较

• 作者: 刘宇 商海涛 桂蓓 王世春 魏泓
• 来源期刊: 中国比较医学杂志
• 学科: 生物学
• 关键词: 小型猪 CYP3A88 RACE技术 序列分析
• 年，卷（期）: 2009,（1）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 15-20,封2
• 页数: 7页
• 分类号: Q95
• 字数: 5074字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1671-7856.2009.01.005

摘要

目的 克隆我国资源小型猪品系巴马香猪肝脏中的CYP3A88基因,并进行生物信息学分析.方法 应用RACE(Rapid Amplification of cDNA Ends)技术对其全长进行扩增,测序,利用Internet和GenBank数据库对其序列进行生物信息学分析.结果首次克隆并鉴定了我国资源小型猪品系巴马香猪肝脏中CYP3A88(GenBank登录号:EF625347)的编码区,获得大小为1965 bp的全长cDNA,编码区长为1512bp,编码503个氨基酸;比较核苷酸序列,与小型猪CYP3A39相似性高达94%,而与人等其它动物的CYP3A相似性则在86%以下;推导和分析氨基酸序列表明,与小型猪CYP3A其它成员(CYP3A39、CYP3A29、CYP3A22)进行对比,其相似性分别为92%,89%,80%,而将小型猪与人的CYP3A分别比对,小型猪CYP3A88与人CYP3A4相似性最高,为77%;对其二级结构预测,它可能含12个α螺旋,4个β折叠;经NCBI上的CDD程序分析可知,其39-491氨基酸区域为P450 3A亚家族保守结构区域;经聚类分析,小型猪和狗的CYP3A与人有较近的进化关系;通过同源建模法对其在线建模,人CYP3A4晶体结构作为其模建模型,得到了其经典的三维结构.结论 在猪CYP3A家族四个基因中,CYP3A88在序列和高级结构上均与人CYP3A4的最为相似.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	刘宇	第三军医大学基础部实验动物学教研室	26	159	6.0	11.0
2	商海涛	第三军医大学基础部实验动物学教研室	31	428	10.0	20.0
3	魏泓	第三军医大学基础部实验动物学教研室	242	2753	27.0	38.0
4	王世春	西南大学生命科学学院	1	6	1.0	1.0
5	桂蓓		2	17	2.0	2.0