基于新测序技术的比对与组装算法

• 作者: 刘涛 张西广 牛北方 迟学斌 郎显宇 陆忠华
• 来源期刊: 计算机工程
• 学科: 工学
• 关键词: 序列比对 组装 新测序技术
• 年，卷（期）: 2009,（20）
• 所属期刊栏目: 博士论文
• 页码范围: 4-6
• 页数: 3页
• 分类号: TP301.6
• 字数: 2262字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-3428.2009.20.002

摘要

针对新型超高通量测序仪Solexa测序仪所产生的测序片段read的比对与组装问题,提出一种短序列比对与组装算法SRMA,采用对参考序列进行hash的方法,将测序片段read分3段快速、准确地定位于参考序列,对不能定位的read采取从头(De novo)组装的方法进行组装.测试结果表明SRMA算法具有较高的性能和敏感度,以及良好的应用前景.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	迟学斌	中国科学院计算机网络信息中心超级计算中心	101	634	14.0	21.0
2	刘涛	中国科学院北京基因组研究所	145	871	16.0	22.0
3	张西广		23	35	3.0	4.0
5	陆忠华	中国科学院计算机网络信息中心超级计算中心	55	174	7.0	11.0
6	郎显宇	中国科学院计算机网络信息中心超级计算中心	7	36	3.0	6.0
9	牛北方	中国科学院计算机网络信息中心超级计算中心	5	10	2.0	3.0