MHC-Ⅱ类抗原表位预测软件的对比评价

• 作者: 刘昌文 李胜涛 邹泽红 陶爱林
• 来源期刊: 生物医学工程研究
• 学科: 医学
• 关键词: MHC-Ⅱ 表位预测 临界值 软件 比对
• 年，卷（期）: 2010,（2）
• 页码范围: 128-132
• 分类号: R318
• 字数: 3278字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-6278.2010.02.014

摘要

比较不同MHC-Ⅱ类抗原表位预测软件的优缺点,为后续应用提供依据.在众多HLA-Ⅱ类抗原表位中,选取HLA-DR的6个表位(DRB1*0101, 0301, 0401, 0701, 1101和1501)为代表,选取MHCBN数据库中的309条已知抗原表位的肽链为待测肽链.使用近年来常用的7个表位预测软件,根据不同软件的临界值确定入选结果数据,比较各软件所得结果与已有的实验结果之间的差距以确定其优劣.综合7个软件预测结果进行评价,得出NetMHCⅡ和NetMHCⅡpan所得结果准确率最高.可以用NetMHCⅡpan及NetMHCⅡ进行MHC-Ⅱ类分子抗原表位预测.不同软件HLA的各个亚型的预测所得指标不一致,提示综合运用不同软件对多肽表位进行预测十分必要.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	陶爱林		14	84	6.0	9.0
2	邹泽红		19	85	6.0	8.0
3	李胜涛		1	9	1.0	1.0
4	刘昌文		1	9	1.0	1.0