利用生物信息工具预测植物中DNA甲基化位点

• 作者: 刘宝秀
• 来源期刊: 中山大学研究生学刊：自然科学与医学版
• 学科: 生物学
• 关键词: CyMATE DNA甲基化位点 DNA甲基化数据库
• 年，卷（期）: 2010,（3）
• 页码范围: 53-74
• 页数: 22页
• 分类号: Q75

摘要

DNA甲基化是表观遗传学的热点问题。CyMATE（Cytosine Methylation Analysis Toolfor Everyone，CyMATE）是一种新的预测DNA甲基化的生物信息工具，能预测重亚硫酸盐基因组测序后得到的序列的甲基化状态。DNA甲基化数据库（DNA methylation database，MethDB）中储存了DNA甲基化的大量信息。用拟南芥（Arabidopsis thaliana）的SUPERMAN（sup）gene（GenBank No．ATU38946）在DNA甲基化数据库中的已知信息检测CyMATE，结果表明CyMATE预测的DNA甲基化水平与DNA甲基化数据库中的原始记录基本一致。此外，从网上搜索一段亚硫酸盐测序后的序列，用CyMATE预测了它的甲基化状态，并对其结果进行了分析。

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