应用ABEEMσπ/MM模型对重组人纤溶酶原Kringle 1结构域与配体分子的对接计算

• 作者: 张文龙 杨忠志 陈淑玲
• 来源期刊: 高等学校化学学报
• 学科: 化学
• 关键词: ABEEMσπ浮动电荷分子力场 重组人纤溶酶原Kringle 1结构域 结合能 氢键
• 年，卷（期）: 2010,（8）
• 页码范围: 1630-1635
• 分类号: O641
• 字数: 4153字
• 语种: 中文

摘要

应用原子-键电负性均衡方法的浮动电荷分子力场(ABEEMσπ/MM),对重组人纤溶酶原ringle 1结构域(1Pg)与配体ε-Aminocaproic aci(EACA),trans-4-(Aminomethyl) cyclohexane-1-carboxylic aci (AMCHA),L-Lysine(Lys),7-Aminoheptanoic aci(7-AHA)和Benzylamine进行了半柔性对接计算. EEMσπ/MM模型优化得到的复合物1Pg/EACA和1Pg/AMCHA的结构很接近实验晶体结构. 此外通过对5种配体与1Pg结合能的计算,得出5种配体与1Pg结合能的大小顺序为AMCHA>EACA>7-AHA>Lys>Benzy-lamine,与实验中测得5种配体与1pg的平衡结合常数a值大小顺序相一致.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	杨忠志	辽宁师范大学化学化工学院	148	620	12.0	15.0
2	张文龙	辽宁师范大学化学化工学院	1	3	1.0	1.0
3	陈淑玲	辽宁师范大学化学化工学院	1	3	1.0	1.0