乳腺癌冰冻和石蜡包埋样本的RNA以及基因表达情况的比较研究

• 作者: 吴世凯 孙冰 宋三泰 张利利 张峰 江泽飞 王敦梅 郭晓红
• 来源期刊: 临床肿瘤学杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 冰冻组织 石蜡包埋组织 RNA提取 基因表达
• 年，卷（期）: 2010,（7）
• 页码范围: 588-592
• 分类号: R737.9
• 字数: 3729字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1009-0460.2010.07.003

摘要

目的 比较乳腺癌新鲜冰冻和石蜡包埋样本中提取总RNA的质量,并分析其基因表达情况.方法 收集新鲜冰冻及其石蜡包埋的人乳腺癌组织共5对,另取10例保存时间为1-10年不等的人乳腺癌组织石蜡样本.试剂盒提取总RNA,用随机引物实时定量聚合酶链反应(qRT-PCR)分析新鲜冰冻与其石蜡样本的mRNA表达情况,并对不同保存时间的石蜡样本比较扩增管家基因不同产物长度的Ct值差异,以了解RNA降解程度.结果 新鲜冰冻后的石蜡样本RNA片段长度弥散分布在200bp左右,扩增90bp长度ACTB基因的有效RNA模板量仅为相应冰冻样本的0.46倍(P<0.05).冰冻样本扩增90bp产物的Ct值显著低于其扩增203bp的Ct值(P=0.02),提示冰冻样本RNA有一定降解.石蜡样本mRNA表达与相应的冰冻样本无显著差异(P>0.05),两种样本目的基因△Ct值经Spearman相关性分析有显著相关性(r=0.954,P=0.000).扩增不同保存时间石蜡样本的3个长度片段的Ct值均有显著差异,随着扩增片段的增大,Ct值也逐渐增加.结论 冰冻样本的RNA相对较完整,质量较好;石蜡样本的RNA有明显降解,但能够准确反映组织mRNA水平表达情况;石蜡样本的Ct值随扩增片段的增大而逐渐增加,能顺利扩增150bp左右长度的产物,为石蜡样本的进一步研究提供实验基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张峰	中国科学院北京基因组研究所	149	3496	30.0	56.0
2	江泽飞	军事医学科学院附属医院乳腺癌内科	131	1256	18.0	29.0
3	宋三泰	军事医学科学院附属医院乳腺癌内科	133	1186	17.0	28.0
4	吴世凯	军事医学科学院附属医院乳腺癌内科	47	258	9.0	14.0
5	孙冰	军事医学科学院附属医院乳腺癌内科	13	49	4.0	6.0
6	张利利	中国科学院北京基因组研究所	6	37	4.0	6.0
7	郭晓红	汕头大学医学院病理学教研室	3	11	1.0	3.0
8	王敦梅	中国科学院北京基因组研究所	3	11	1.0	3.0