基于前缀计算的序列比对研究

• 作者: 张瑜 王继东
• 来源期刊: 自动化技术与应用
• 学科: 工学
• 关键词: 并行编程 smith-waterman算法 前缀计算
• 年，卷（期）: 2010,（2）
• 所属期刊栏目: 计算机应用
• 页码范围: 35-37,46
• 页数: 4页
• 分类号: TP311
• 字数: 3510字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1003-7241.2010.02.010

摘要

为了提高Smith-Waterman算法处理速度,同时不改变原算法的准确性,本文利用前缀计算方法修改Smith-Waterman算法,并进行OpenMP并行化.在多核机上测试表明,前缀计算的共享并行化使得该局部比对算法的速度得到很大的提高.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王继东	西北师范大学数学与信息科学学院	5	47	3.0	5.0
2	张瑜	西北师范大学数学与信息科学学院	10	52	3.0	7.0