基于GPU并行的生物序列局部比对算法

• 作者: 林娟 林敏 钟一文
• 来源期刊: 《福建农林大学学报（自然科学版）》
• 关键词: Smith-Waterman算法 并行前缀扫描 通用图形处理器 序列比对
• 年，卷（期）: 2015,（4）
• 所属期刊栏目: 计算机与信息
• 页码范围: 442-448
• 页数: 7页
• 分类号: TP391
• 语种: 中文
• DOI: 10.13323/j.cnki.j.fafu(nat.sci.).2015.04.019

摘要

对Smith-Waterman算法的计算公式进行了改进以适应GPU并行的特点,并提出新的基于BLOCK分块的并行前缀扫描法;通过UP-DOWN步骤、BLOCK间调整、Eij微调等步骤在O(logn)时间内计算出行中每一个元素的前缀最大值;最后将回溯过程置于GPU端,避免了CPU与GPU间内存的拷贝.与传统的Smith-Waterman算法相比,该算法在低端的GPU平台性能提升90倍;与同样基于GPU的SWAT算法相比,性能也有较大的提升.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	林娟	福建农林大学计算机与信息学院	21	77	6.0	8.0
2	钟一文	福建农林大学计算机与信息学院	59	596	13.0	23.0
3	林敏	福建农林大学计算机与信息学院	21	59	5.0	6.0