局部序列比对算法及其并行加速研究进展

• 作者: 刘阳 李江域 毛逸清 王小磊 赵东升
• 来源期刊: 军事医学
• 学科: 生物学
• 关键词: 序列比对 并行计算 云计算 Hadoop GPU计算
• 年，卷（期）: 2012,（7）
• 所属期刊栏目: 综述
• 页码范围: 556-560
• 分类号: Q811.4
• 字数: 6224字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-9960.2012.07.018

摘要

随着新一代测序技术的发展,传统的序列比对工具已无法满足测序产生的海量生物学数据分析处理的需求,研究如何利用最新的计算技术加速序列比对过程具有十分重要的意义.本文回顾了常用的局部序列比对算法,介绍了基于并行计算原理的序列比对算法的加速优化策略和主要进展,详细说明了如何利用最新的图形处理器(GPU)计算技术实现高性能的BLAST(basic local alignment search tool)比对算法.最后,结合实际需求,提出和讨论了综合利用云计算和GPU 计算实现高性能、高能效的序列比对平台的研究思路.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	赵东升	军事医学科学院卫生勤务与医学情报研究所	72	313	9.0	13.0
2	毛逸清	军事医学科学院卫生勤务与医学情报研究所	9	15	3.0	3.0
3	刘阳	军事医学科学院卫生勤务与医学情报研究所	9	17	2.0	3.0
4	王小磊	军事医学科学院卫生勤务与医学情报研究所	15	29	3.0	4.0
5	李江域	军事医学科学院卫生勤务与医学情报研究所	11	29	4.0	4.0