基于图形硬件加速的生物序列比对算法研究

• 作者: 张林 柴惠 沃立科 袁小凤 黄燕芬
• 来源期刊: 生物信息学
• 学科: 医学
• 关键词: 序列比对 动态规划算法 图形硬件
• 年，卷（期）: 2011,（2）
• 页码范围: 146-150,154
• 分类号: Q332|R318
• 字数: 4693字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-5565.2011.02.012

摘要

生物序列比对是生物信息学的基础,是当今功能基因组学研究中最常用、最重要的研究方法之一.本文对各类序列比对算法优缺点进行分析,对图形硬件的优势进行挖掘.在此基础上,将各类序列比对算法中准确性最高的动态规划算法予以实现,并将其映射到图形硬件上,以实现算法加速.通过实例进行性能评测,结果表明该加速算法在保证比对准确性的同时,能较大地提高比对速度.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	沃立科	浙江中医药大学生命科学学院	28	201	10.0	13.0
2	张林	浙江中医药大学生命科学学院	32	78	6.0	6.0
3	柴惠	浙江中医药大学生命科学学院	23	92	6.0	8.0
4	黄燕芬	浙江中医药大学生命科学学院	53	175	7.0	10.0
5	袁小凤	浙江中医药大学生命科学学院	43	248	9.0	13.0