吴茱萸SOD基因片段克隆和SNP分析

• 作者: 吴波 张寿文 潘超美 罗光明 高丹
• 来源期刊: 江西农业大学学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 吴茱萸 SOD 基因克隆 SNP
• 年，卷（期）: 2011,（6）
• 所属期刊栏目: 生物技术与工程
• 页码范围: 1206-1211
• 分类号: Q943.2
• 字数: 3830字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-2286.2011.06.032

摘要

根据GenBank已报道的多种植物Cu/Zn-SOD基因和Mn/Fe-SOD基因的保守区域,分别设计了两对用于克隆10种吴茱萸属植物Cu/Zn-SOD基因和Mn/Fe-SOD基因核心片段的简并引物.试验所得的Cu/Zn-SOD基因片段长度为375 bp,Mn/Fe-SOD基因片段长度为429 bp,分别编码125个和143个氨基酸残基.使用DAM-BE和DNAStar5.0生物统计软件对序列进行同源性比对,10种吴茱萸属植物与其他多种植物的Cu/Zn-SOD基因核苷酸序列同源性大于74％,氨基酸序列同源性大于79％；Mn/Fe-SOD基因的核苷酸序列同源性大于78％,氨基酸序列同源性大于81％.在所克隆的Cu/Zn-SOD基因片段中有21个核苷酸SNPs位点,导致6个氨基酸位点变异,多态性频率为1SNP/17.9 bp,核苷酸和氨基酸变异度分别为5.6％和4.8％；在所克隆的Mn/Fe-SOD基因片段中有17个核苷酸SNPs位点,导致3个氨基酸位点变异,多态性频率为1SNP/25.2 bp,核苷酸和氨基酸变异度分别为4.0％和2.1％.采用Neighbour-Joining聚类法,对10种吴茱萸属植物的Cu/Zn-SOD基因片段的核苷酸序列进行聚类分析,构建了精确遗传聚类图谱.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张寿文	江西中医学院江西省中药种质资源工程技术研究中心	74	469	13.0	18.0
2	罗光明	江西中医学院江西省中药种质资源工程技术研究中心	132	852	17.0	22.0
3	潘超美	广州中医药大学中药学院	68	755	15.0	25.0
4	吴波	江西中医学院江西省中药种质资源工程技术研究中心	23	124	6.0	10.0
5	高丹	江西中医学院药学院	12	37	3.0	6.0