柑橘类植物GPAT基因片段克隆和SNP分析

• 作者: 刘勇 吴波
• 来源期刊: 江西农业大学学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 柑橘类植物 GPAT 基因克隆 SNP 序列分析
• 年，卷（期）: 2010,（1）
• 所属期刊栏目: 园艺科学
• 页码范围: 51-56
• 页数: 6页
• 分类号: Q785
• 字数: 3284字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-2286.2010.01.010

摘要

甘油-3-磷酸酰基转移酶基因是与植物抗冷性强弱密切相关的基因.根据已报道的各种植物GPAT基因的氨基酸序列上前后两个保守区设计1对简并引物,采用RT-PCR技术,分别从琯溪蜜柚、马家柚、莽山野橘等8种柑橘类植物中克隆得到315bp的GPAT基因片段.使用DNAStar5.0软件对8个片段序列进行同源性比较,8个片段的核苷酸同源性高达97.8%,与其它植物GPAT基因核苷酸序列的同源性都在72.5%以上;经过氨基酸序列推导,每个GPAT基因片段分别编码105个氨基酸,8个片段的氨基酸同源性为95.2%,与其它植物GPAT基因的氨基酸序列同源性在68.9%以上.试验克隆所得8种柑橘类植物GPAT基因片段序列存在明显的单核苷酸变异,在14个核苷酸位点存在SNPs(single nucleotide polymorphisms),导致6个氨基酸位点发生变异,多态性频率为1SNP/22.5bp,核苷酸变异度为4.45%,氨基酸变异度为5.71%.采用NJ聚类法对克隆片段的核苷酸序列进行了遗传多样性分析.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	刘勇	江西农业大学农学院	64	909	17.0	28.0
2	吴波	江西中医学院江西省中药种质资源工程技术研究中心	23	124	6.0	10.0