利用多因子降维法研究CXCR1和IL-8基因交互作用与中国荷斯坦牛乳房炎的关系

• 作者: 常玲玲 张亚琴 施雪奎 杨章平 毛永江 陈仁金 陈莹
• 来源期刊: 中国农业科学
• 学科: 农学
• 关键词: 多因子降维法 Logistic回归 CXCRI IL-8 乳房炎易感性
• 年，卷（期）: 2011,（9）
• 所属期刊栏目: 畜牧·资源昆虫
• 页码范围: 1908-1915
• 分类号: S858.23
• 语种: 中文
• DOI: 10.3864/j.issn.0578-1752.2011.09.018

摘要

[目的]运用多因子降维法(MDR)分析中国荷斯坦牛CXCR1和IL-8两个基因多态性与乳房炎易感性的交互作用,并评价MDR模型的具体应用.[方法]以上海光明乳业集团金山种奶牛场634头(其中有228头患乳房炎)中国荷斯坦牛为试验材料,采用PCR-SSCP和直接测序法分析CXCRl基因-5'端和编码区及IL-8基因编码区共7个SNP位点的遗传多态性,并用MDR法和Logistic回归分析CXCR1和IL-8基因各位点突变及其基因型组合对奶牛乳房炎易感性的影响.[结果]CXCR1基因5'端-1 830、-1 768、-344和编码区783共4处发生突变,IL-8基因的2 789(A/G)位点与2 862(T/C)位点发生连锁突变,并导致两位点分别发生Ser→Gly和Cys→Arg的突变.单因素Logistic回归分析结果表明,CXCR1基因和IL-8基因5个SNP位点变异对该牛场奶牛乳房炎易感性均没有达到显著水平,但MDR分析发现CXCR1-(-1 768)-IL-8两位点、CXCR1-(-1 768)-(783)-IL-8三位点及CXCR1-(-1 768)-(-344)-(783)-IL-8四位点交互作用均达到显著水平,且交叉验证一致性均为最大(10/10).CXCR1-(-1 768)-(78 3)-IL-8三位点互作模型和CXCR1-(-1 768)-IL-8两位点互作模型检验样本准确度较高(分别为0.5457和0.5485),但4个位点联合效应分级图表明CXCR1-(-1 768)-IL-8两易感基因型为强正交互作用,同时将CXCR1-(-1 768)-(78 3)-IL-8三位点互作效应和CXCR1-(-1 768)-IL-8两位点互作效应引入Logistic回归分析表明,CXCR1-(-1 768)-IL-8两位点互作效应对该牛场奶牛乳房炎易感性达到显著水平.[结论]CXCR1-(-1 768)-IL-8两位点交互模型作为奶牛乳房炎易感性相关的基因联合选择模型最佳,MDR和Logistic回归均可用于奶牛乳房炎易感性多基因分析模型,MDR发现交互作用的能力比Logistic回归强,但两者有着各自的适用条件和优点.遇到有交互作用分析要求时,二者的联合应用效果更佳.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	毛永江	扬州大学动物科学与技术学院	161	1081	17.0	24.0
2	杨章平	扬州大学动物科学与技术学院	200	1464	19.0	27.0
3	常玲玲	扬州大学动物科学与技术学院	19	246	9.0	15.0
4	张亚琴	扬州大学动物科学与技术学院	13	120	7.0	10.0
5	陈莹	扬州大学动物科学与技术学院	25	166	7.0	12.0
6	陈仁金	扬州大学动物科学与技术学院	22	197	6.0	13.0
7	施雪奎	扬州大学动物科学与技术学院	12	108	7.0	10.0