大丽轮枝菌(Verticillium dahliae VdLs.17)分泌组预测及分析

• 作者: 戴小枫 汪佳妮 田李 陈捷胤 陈相永
• 来源期刊: 中国农业科学
• 学科: 农学
• 关键词: 大丽轮枝菌 分泌蛋白 信号肽 碳水化合物活性酶 激发子
• 年，卷（期）: 2011,（15）
• 所属期刊栏目: 植物保护
• 页码范围: 3142-3153
• 分类号: S432.44
• 语种: 中文

摘要

[目的]预测并分析大丽轮枝菌基因组范围内的分泌蛋白,为大丽轮枝菌分泌蛋白致病机理的研究奠定基础.[方法]利用已公布的大丽轮枝菌全基因组序列,组合使用生物信息学软件SignalP、TargetP、TMHMM、Big-pi和PROSITE,预测大丽轮枝菌基因组范围内所有分泌蛋白,定义为分泌组.统计分析分泌组中蛋白N-端信号肽特点;应用碳水化合物活性酶类数据库和病原菌-寄主互作蛋白数据库对分泌组蛋白进行注释,预测分泌组中潜在果胶酶、纤维素酶和病原菌寄主互作蛋白;利用真菌激发子的保守结构域,预测分泌组中潜在的激发子蛋白集;应用BLASTP程序比较分析大丽轮枝菌和黑白轮枝菌分泌组,获得大丽轮枝菌相对于黑白轮枝菌特异的分泌蛋白.[结果]大丽轮枝菌分泌组共有922个蛋白.信号肤分析表明,以19个氨基酸为信号肤的蛋白数目最多,非极性氨基酸丙氨酸的出现频率最高,而有带电侧链的氨基酸天冬氨酸和谷氨酸的出现频率最低,信号肽的-3和-1位置上的氨基酸相对保守.大丽轮枝菌分泌组含有158个潜在的碳水化合物活性酶类,其中,包括10个果胶水解酶和14个果胶裂解酶;190个潜在的病原菌-寄主互作蛋白、97个含有RxLx[EDQ]模体的蛋白和52个富含半胱氨酸的小分子量分泌蛋白;58个相对于黑白轮枝菌分泌组特异的蛋白.[结论]本文建立了预测大丽轮枝菌分泌组蛋白的方法.分泌组蛋白信号肤长度具有高度的变异性,氨基酸组成多为脂肪族氨基酸,序列在C-端结构域较为保守.分泌组中包含大量潜在的果胶降解酶、病原菌-寄主互作蛋白、RxLx[EDQ]模体蛋白和富含半胱氨酸的小分子量蛋白等致病相关蛋白.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	戴小枫	中国农业科学院作物科学研究所	75	1013	16.0	30.0
2	陈捷胤	中国农业科学院作物科学研究所	16	274	8.0	16.0
3	陈相永	中国农业科学院作物科学研究所	3	70	2.0	3.0
4	汪佳妮	中国农业科学院作物科学研究所	4	129	4.0	4.0
5	田李	中国农业科学院作物科学研究所	2	62	2.0	2.0