植物抗性基因识别中的随机森林分类方法

• 作者: 刘晓燕 邹权 郭茂祖 郭颖婕
• 来源期刊: 计算机科学与探索
• 学科: 工学
• 关键词: 随机森林 分类器 抗性基因 聚类 降采样
• 年，卷（期）: 2012,（1）
• 所属期刊栏目: 学术研究
• 页码范围: 67-77
• 分类号: TP18
• 字数: 6390字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3778/j.issn.1673-9418.2012.01.005

摘要

为了解决传统基于同源序列比对的抗性基因识别方法中假阳性高、无法发现新的抗性基因的问题,提出了一种利用随机森林分类器和K-Means聚类降采样方法的抗性基因识别算法.针对目前研究工作中挖掘盲目性大的问题,进行两点改进:引入了随机森林分类器和188维组合特征来进行抗性基因识别,这种基于样本统计学习的方法能够有效地捕捉抗性基因内在特性；对于训练过程中存在的严重类别不平衡现象,使用基于聚类的降采样方法得到了更具代表性的训练集,进一步降低了识别误差.实验结果表明,该算法可以有效地进行抗性基因的识别工作,能够对现有实验验证数据进行准确的分类,并在反例集上也获得了较高的精度.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	刘晓燕	哈尔滨工业大学计算机科学与技术学院	35	237	8.0	14.0
2	郭茂祖	哈尔滨工业大学计算机科学与技术学院	77	1227	20.0	33.0
3	郭颖婕	哈尔滨工业大学计算机科学与技术学院	3	20	1.0	3.0
4	邹权	厦门大学信息科学与技术学院	23	446	9.0	21.0