心肺细胞缺氧效应生物信息学分析

• 作者: 周翠红 毕得 温冬青 肖华军 邓小燕
• 来源期刊: 深圳大学学报（理工版）
• 学科: 医学
• 关键词: 生物信息学 缺氧 BRB-Array工具 GEO数据库 文本挖掘 差异表达基因 小分子RNA 信号通路 生物学过程
• 年，卷（期）: 2012,（6）
• 所属期刊栏目: 生物工程
• 页码范围: 541-547
• 页数: 7页
• 分类号: R318.04
• 字数: 5277字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1249.2012.06541

摘要

采用BRB-ArrayTools分析GEO数据库中肺和心脏细胞在缺氧环境下不同时间段的差异表达基因,获得肺细胞差异表达基因39个,心脏细胞差异表达基因66个,其中,有部分差异表达基因相同,但更多是不同的响应基因；差异表达基因随缺氧时间延长达到相对稳定.通过GeneCodis聚类这些差异表达基因参与的分子功能和生物学过程,其功能涉及血管生成、NAD+活性、跨膜转运作用、还原酶作用、氧化还原过程及氧化应激等.用本文挖掘找出缺氧调控的microRNA(miRNA),用miTALOS分析缺氧调控miRNA参与的生物信号通路,这些信号通路主要有血管内皮生长因子(vascular endothelial growth-factor,VEGF)受体功能、Wnt和MAPK (mitogen-activated protein kinase)信号通路.结果表明,挖掘和整合生物基因芯片有效信息资源,可为深入研究缺氧效应的分子机理提供新思路.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	肖华军	北京航空航天大学航空科学与工程学院	55	183	7.0	11.0
3	邓小燕	北京航空航天大学生物与医学工程学院教育部生物力学重点实验室	41	141	7.0	9.0
4	温冬青		11	11	2.0	2.0
5	周翠红	北京航空航天大学生物与医学工程学院教育部生物力学重点实验室	3	4	1.0	2.0
6	毕得	北京航空航天大学航空科学与工程学院	3	3	1.0	1.0