日本血吸虫基因组核糖体移码序列的预测分析

• 作者: 刘锋 杨忠 王海彬 胡薇
• 来源期刊: 国际医学寄生虫病杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 日本血吸虫 核糖体移码 假结 生物信息学
• 年，卷（期）: 2012,（3）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 144-151
• 分类号: R53
• 字数: 5389字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3760/cma.j.issn.1673-4122.2012.03.003

摘要

目的 预测日本血吸虫基因组中核糖体移码的基因序列并进行鉴定.方法 挑选稳定并能够可靠预测RNA假结结构的软件,编写批量提交数据的程序并结合本地手段进行假结结构预测,计算序列最小自由能从而挑选稳定序列,进一步使用生物信息学软件Fsfinder分析序列中核糖体移码位点,进行开放性阅读框(open reading frame,0RF)分析,筛选出可能产生核糖体移码的日本血吸虫基因序列.利用日本血吸虫蛋白质组数据库中的肽段质谱数据进行比对,寻找对应的肽段信息.结果 从日本血吸虫的8452条基因编码序列中预测出26条可能含有促使核糖体移码假结结构的序列.经过日本血吸虫蛋白质组数据库中的肽段质谱数据进行比对,发现日本血吸虫输入蛋白(Sjimportin)移码之后产生的肽段.结论 整合已有的RNA假结预测软件以及核糖体移码预测软件,建立了日本血吸虫预测核糖体移码序列数据库,并成功获取日本血吸虫蛋白Sjimportin核糖体移码表达证据.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	杨忠	复旦大学生命科学院	12	61	3.0	7.0
2	刘锋	复旦大学生命科学院	9	26	3.0	4.0