羊口疮病毒F1L蛋白二级结构分析与表位预测

• 作者: 刘湘涛 吕占禄 尚佑军 张克山 王光祥 田宏
• 来源期刊: 中国人兽共患病学报
• 学科: 医学
• 关键词: 羊口疮病毒 F1L基因 二级结构 细胞表位 预测
• 年，卷（期）: 2012,（12）
• 所属期刊栏目: 实验研究
• 页码范围: 1185-1190
• 页数: 6页
• 分类号: R373
• 字数: 3393字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/cjz.j.issn.1002-2694.2012.12.006

摘要

目的 利用软件预测羊口疮病毒(ORFV)F1L蛋白的二级结构和细胞表位.方法 利用SOPMA服务器预测ORFV F1L蛋白的二级结构,以DNAStar软件单参数(二级结构、亲水性、可及性、柔韧性及抗原性)预测结果为基础,通过二级结构预测初步筛选,并以ABCpred方案作为最终验证,预测羊口疮病毒(ORFV) F1L蛋白的B细胞表位;运用神经网络+量化矩阵法(ANNs+QM法)预测ORFV F1L蛋白的CTL细胞表位;使用MHC-II类分子结合肽在线程序预测ORFV F1L蛋白的Th细胞表位.结果 ORFV F1L蛋白含有α-螺旋34.71%、β-片层18.82%、β-转角5.88%、无规则卷曲40.59%;没有信号肽,可能存在7个B细胞表位, 2个CTL表位,3个Th细胞表位.结论 该研究结果将为建立ORFV诊断方法、制备单克隆抗体及合成肽疫苗提供理论依据.