肠道病毒71型VP1蛋白二级结构及B细胞表位的预测

• 作者: 倪红霞 王锦 许国章
• 来源期刊: 中国人兽共患病学报
• 学科: 医学
• 关键词: 肠道病毒71型 VP1 蛋白质二级结构 B细胞表位
• 年，卷（期）: 2011,（10）
• 所属期刊栏目: 试验研究
• 页码范围: 905-908
• 分类号: R373.2
• 字数: 3548字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1002-2694.2011.10.011

摘要

目的 预测C4基因亚型肠道病毒71型的VP1蛋白二级结构及B细胞表位,为EV71疫苗研制提供理论基础.方法 本研究将宁波地区EV71分离株与国内外EV71代表株进行同源性分析和并构建亲缘进化树.以VP1基因序列为材料,应用EX-PASY服务器上的GOR4、SOPMA两种方法分析预测蛋白质二级结构,并结合蛋白质的亲水性、柔韧性、表面可能性等指标综合评价VP1蛋白的B细胞抗原表位.结果 同源性分析和亲缘进化分析得出,2010年宁波EV71分离株属于C4a基因亚型,与基因库检索到的C4a基因亚型代表株核苷酸和氨基酸同源性较高,分别为93.6％～99.3％和98.3％～100％.VP1蛋白二级结构以无规则卷曲和β-片层为主,有多处抗原指数较高的区段,结合亲水性、柔韧性、表面可能性等指标,综合预测VP1蛋白的B细胞抗原表位在第39～40、159～167、212～220、287～290位氨基酸残基的可能性较大.结论 EV71 VP1蛋白多个区段具有抗原潜力通过生物信息学方法预测VP1蛋白二级结构及B细胞表位为EV71疫苗研制提供理论基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	许国章		142	1060	16.0	22.0
2	倪红霞		23	67	5.0	6.0
3	王锦	宁波大学医学院	2	4	2.0	2.0