肠道病毒71型六安地区分离株VP1基因的生物信息学分析及B细胞表位预测

• 作者: 丁晓娟 俞海洋 倪德群 常宏伟 汤仁树 王明丽 王林定 陈伟 陈敬贤 陈灵芝
• 来源期刊: 安徽医科大学学报
• 学科: 医学
• 关键词: 肠道病毒71型 VP1 B细胞表位 二级结构 三级结构
• 年，卷（期）: 2012,（3）
• 所属期刊栏目: 基础医学研究
• 页码范围: 233-240
• 分类号: R373.2|R314.8
• 字数: 5128字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-1492.2012.03.002

摘要

目的 对肠道病毒71型(EV71)VP1基因编码衣壳蛋白进行系统结构与功能预测,为制备EV71疫苗和诊断抗原的研究提供理论基础.方法 基于编号为1404-Luan(CHN)-08的EV71六安地区分离株VP1基因编码蛋白的氨基酸序列,应用ProtParam、SigalP、TMPRED、Sosui、SOPMA、Phyre、Bepipred等生物信息学方法预测其信号肽、跨膜区、疏水性、二级结构、三级结构等性质和潜在的B细胞表位.结果 EV71六安地区分离株VP1基因编码蛋白没有信号肽,无跨膜区,是一个亲水性蛋白;VP1蛋白二级结构以无规则卷曲和β-片层为主,含有少量的α-螺旋,少见β-转角; VP1的三级结构中4～121氨基酸部分在蛋白表面形成一环状结构(VPl GH loop);EV71 VP1潜在的B细胞表位共有6个可能的抗原表位.其中,预测分值最高的线性表位区域位于157～177位氨基酸残基.结论 成功预测了EV71六安地区分离株VP1二级结构、三级结构和B细胞表位,为制备EV71基因工程疫苗和诊断抗原的开发提供了理论基础.