基于Luminex悬浮芯片的鼠疫耶尔森菌SNP分型方法研究

• 作者: 宋亚军 崔玉军 张青雯 朱鹏 杨瑞馥 祁芝珍 肖潇 谭周进
• 来源期刊: 军事医学
• 学科: 医学
• 关键词: Luminex技术 耶尔森菌,鼠疫 多态性,单核苷酸 基因分型
• 年，卷（期）: 2012,（7）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 502-507
• 分类号: R378.6
• 字数: 4133字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-9960.2012.07.005

摘要

目的 利用Luminex悬浮芯片技术,基于单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)建立我国鼠疫耶尔森菌东方型菌株(以下简称东方型鼠疫菌)的基因分型方法,为进一步研究东方型鼠疫菌多态性并分析其系统发育关系奠定基础.方法 利用多重PCR,同时扩增东方型鼠疫菌中18个具有分型意义的SNP位点,扩增产物进行多重等位基因特异性引物延伸(allele specific primer extension,ASPE)反应以及Luminex悬浮芯片技术分析,随后利用MasterPlex GT V2.3软件计算平均荧光强度(median fluorescence intensity,MFI)比值,判断各SNP位点的碱基状态;并对SNP分型方法 的重现性进行评价.结果 Luminex多重SNP技术能够快速、高通量地检测出各SNP位点的MFI值,从而在8 h内一次性成功确定东方型鼠疫菌中18个SNP的碱基状态;36株东方型鼠疫菌基于18个SNP可以分为7个基因型.结论 本文建立的Luminex多重SNP检测方法 作为一种高通量检测SNP的技术平台,为后期的东方型鼠疫菌SNP分型及系统发育分析奠定了基础.