蚤状溞(Daphnia pulex)基因组中MDM2/4类似蛋白及其编码基因的特征

• 作者: 焦传珍 田志环
• 来源期刊: 南方农业学报
• 关键词: 蚤状溞 MDM2 MDM4 生物信息学 基因组
• 年，卷（期）: 2013,（7）
• 所属期刊栏目: 畜牧·兽医·水产·蚕桑
• 页码范围: 1190-1195
• 页数: 6页
• 分类号: Q959.223.3
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j:issn.2095-1191.2013.7.1190

摘要

[目的]验证蚤状溞基因组是否存在与人类原癌基因MDM2/4同源或相似的基因,为拓展蚤状溞作为模式生物在生物医学领域中的应用奠定基础.[方法]在GenBank中同源搜索蚤状溞MDM2/4基因及其编码蛋白,利用生物信息学工具软件对其基因结构、转录本序列、编码蛋白的性质和结构等进行生物信息学分析.[结果]用BLASTp程序在GenBank蛋白非冗余数据库中对编码的氨基酸序列进行搜索,获得了蚤状溞基因组编码的MDM2/4类似蛋白,并分别命名为DAPPU mdm2_like和DAPPU_rndm4_like.根据EST序列确定蚤状溞MDM2/4类似基因仅有5个外显子.BLAST比对搜索、亚细胞定位预测、功能结构域分析及同源模建预测结果表明,DAPPU_mdm2_like和DAP-PU_mdm4_like可能是MDM2/4的同源蛋白,DAPPU_mdm2 like的结构功能域含有1个ZnF_RBZ结构域(氨基酸135～159)、1个RING结构域(氨基酸250～290)和RING结构域重叠部分序列形成的另一个ZnF_RBZ结构域(氨基酸269～293)；DAPPU_mdm4_like氨基酸222～263可能是一个RING结构域.利用Needleman-Wunsch双序列全局比对工具比对,发现DAPPU_mdm4_like与DAPPU_mdm2_like具有28.6％的序列一致性和40.4％的相似性.[结论]蚤状潘基因组可能存在MDM2和MDM4的分化.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	田志环	韶关学院英东生命科学学院	15	66	5.0	8.0
2	焦传珍	韶关学院英东生命科学学院	10	36	3.0	5.0