甘薯基因组NBS-LRR类抗病家族基因挖掘与分析

• 作者: 黄小芳 毕楚韵 石媛媛 胡韵卓 周丽香 梁才晓 黄碧芳 许明 林世强 陈选阳
• 来源期刊: 作物学报
• 关键词: 甘薯 NBS-LRR R基因 基因家族 生物信息学
• 年，卷（期）: 2021,（8）
• 所属期刊栏目: 作物遗传育种·种质资源·分子遗传学
• 页码范围: 1195-1207
• 页数: 12页
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1006.2020.94163

摘要

NBS-LRR类基因家族是植物抗病R基因(Resistance gene)数量最多的一类, 具有NBS (Nucleotide-binding site)和LRR (Leucine-leucine-repeat)结构域。甘薯(Ipomoea batatas)栽培种基因组已完成测序, 但尚未注释, 本研究对甘薯基因组序列进行外显子预测, 得到甘薯染色体组全基因组蛋白序列, 在此基础上进一步对NBS-LRR家族基因鉴定和分析表明, 甘薯基因组中含有379个NBS-LRR家族基因, 占全基因组基因总数的0.212%, 其中N型亚家族120个, NL型103个, CNL型133个, TNL型22个, PN型1个。所有染色体上均有NBS-LRR家族基因分布, 但数量明显不同, 其中有60.9%的NBS-LRR基因序列呈簇状分布。NBS-LRR基因序列有15个保守结构域, 在N端较为保守。研究结果为甘薯进一步开展NBS-LRR家族基因的功能研究和抗性育种提供了参考。