基于组合核的蛋白质交互关系抽取

• 作者: 刘洋 李丽双 黄德根
• 来源期刊: 中文信息学报
• 学科: 工学
• 关键词: 蛋白质交互关系抽取 SVM 树核 组合核 修剪策略
• 年，卷（期）: 2013,（1）
• 页码范围: 86-92,128
• 页数: 8页
• 分类号: TP391
• 字数: 5950字
• 语种: 中文

摘要

蛋白质交互关系(PPI)抽取是生物医学信息抽取领域的一个重要部分,具有很高的应用价值和实际意义.该文使用一种基于SVM的组合核方法进行蛋白质关系抽取,将基于特征的平面核和基于结构的卷积树核组合.一棵完整的句法解析树中包含了较多噪声,需对其修剪以提高PPI抽取效果.首先讨论不同的树的剪裁策略对实验结果的影响,分别使用完全树、最小完全树、最小树和最短路径闭包树进行实验,最短路径闭包树效果最好；然后在最短路径闭包树的基础上提出一种动态拓展树,该树取得了明显优于其他解析树的效果.最后基于组合核在AIMED上进行10倍交叉实验,精确率、召回率和F值分别达到了82.40％、51.30％和63.23％.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	黄德根	大连理工大学计算机学院	70	1191	19.0	33.0
2	刘洋	大连理工大学计算机学院	46	269	10.0	14.0
3	李丽双	大连理工大学计算机学院	29	380	12.0	19.0