蛋白质数据库对蛋白质组鉴定的影响

• 作者: 孙伟 邵晨
• 来源期刊: 中国生物医学工程学报
• 学科: 医学
• 关键词: 蛋白质数据库 蛋白质组学 数据库检索
• 年，卷（期）: 2013,（2）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 129-134
• 页数: 6页
• 分类号: R318
• 字数: 5552字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.0258-8021.2013.02.001

摘要

在蛋白质组学研究中,通常使用数据库检索算法进行蛋白质的鉴定.使用完整性较高但注释不准确的数据库,可能能够鉴定到更多的蛋白质,但存在数据不准确的风险；使用注释准确但完整性较低的数据库,则有可能漏掉一些数据库中未收录的蛋白.如何兼顾蛋白质鉴定结果的完整性和准确性是一个重要的问题.本研究以人类蛋白质组为例,采用不同质谱仪及不同样品产生的蛋白质组数据,比较了常用的IPI数据库、UniProt数据库和Swiss-Prot数据库的检索结果.结果表明,3个数据库在不同的蛋白质组数据中表现各有优劣,但总体来讲差异很小；每个数据库可鉴定到的、特有的多肽数不超过总数的5％,蛋白数的差异为1％～5％.说明3个数据库都覆盖了常见的人类蛋白序列,完整性很高.因此,推荐采用通过人工注释、在不断更新中的Swiss-Prot数据库作为检索对象.当研究目的为鉴定或定量未收录在Swiss-Prot数据库中的蛋白序列(如一些特殊的蛋白异构体或突变体)时,可将目的序列加入该数据库进行检索,或考虑使用其他完整性更高的数据库.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	孙伟	中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院	28	168	8.0	12.0
2	邵晨	中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院	2	10	1.0	2.0