稻瘟病菌不同拼接版本基因组序列差异性比较

• 作者: 姜华 孙国昌 张震 杜新法 柴荣耀 毛雪琴 王教瑜 王艳丽 邱海萍
• 来源期刊: 中国水稻科学
• 学科: 农学
• 关键词: 稻瘟病 稻瘟病菌 基因组 图位克隆 无毒基因
• 年，卷（期）: 2013,（4）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 425-433
• 页数: 9页
• 分类号: Q755|S435.111.4+1
• 字数: 5994字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1001-7216.2013.04.013

摘要

为了明确稻瘟病菌不同拼接版本基因组序列的差异,促进合理利用不同拼接版本基因组序列,比较了不同版本稻瘟病菌基因组数据库微卫星序列的分布情况,功能基因的位置及长度差异,SSR引物的位置差异等.结果表明,不同基因组数据库在序列长度上差异明显,功能基因的位置、SSR引物位置和SSR核苷酸重复类型数量也差异明显.无毒基因Avr-Pizt连锁标记比较分析表明Avr-Pizt基因定位在不同数据库中差别明显.不同稻瘟病菌数据库中,第7染色体的序列与其上的BAC序列之间差异显著,虽然这不影响功能基因的分析,但影响无毒基因图位克隆的定位区间的判断.因此,稻瘟病菌研究者应根据实际情况选择相应的数据库.