基于Memetic优化的智能DNA序列数据压缩算法

• 作者: 周家锐 朱泽轩 纪震 陈思平
• 来源期刊: 电子学报
• 学科: 工学
• 关键词: DNA序列数据压缩 生物信息学 近似重复矢量 Memetic算法
• 年，卷（期）: 2013,（3）
• 所属期刊栏目: 学术论文
• 页码范围: 513-518
• 页数: 6页
• 分类号: TP391
• 字数: 4518字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.0372-2112.2013.03.016

摘要

提出近似重复矢量(Approximate Repeat Vector,ARV)模型用于DNA序列冗余片段的描述.通过将数据生物信息学特征引入压缩预处理,并使用ARV矢量构造编码码本,提出了非对称DNA序列压缩算法BioLZMA-2.算法引入基于粒子群优化的Memetic改进方法CLIPSO-MA用于压缩码本的智能优化设计,有效提升了编码性能.在标准测试序列上的实验结果表明,BioLZMA-2可获得比现有DNA序列数据压缩方法更高的压缩率.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	纪震	深圳大学计算机与软件学院	57	655	13.0	24.0
3	陈思平	浙江大学生物医学工程与仪器科学学院	41	216	8.0	13.0
9	朱泽轩	深圳大学计算机与软件学院	9	50	4.0	7.0
11	周家锐	浙江大学生物医学工程与仪器科学学院	2	25	2.0	2.0