基于粪便DNA的藏狐微卫星位点筛选及个体识别

• 作者: 仁青彭措 刘楠 左清秋 杨刚 杨应远 王正寰 谢飞
• 来源期刊: 兽类学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 藏狐 微卫星DNA 个体识别 粪便DNA
• 年，卷（期）: 2014,（4）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 387-392
• 分类号: Q346.5
• 语种: 中文

摘要

藏狐是我国青藏高原东部多房棘球绦虫和石渠棘球绦虫最主要的野生动物终末宿主.棘球绦虫会导致一类称为棘球绦虫病的致死性人兽共患疾病,青藏高原东部牧区是该病重要的流行区.因此作为终末宿主,评估藏狐种群的棘球绦虫感染率对于该病的流行病学研究意义明显.而要获取这方面信息,首先必须了解藏狐的种群数量.为此,我们基于非损伤取样的原则,使用藏狐新鲜粪便作为研究材料,从已发布的藏狐及近缘种的48个微卫星位点中筛选了11个用于藏狐粪便DNA多态性分析.对2011-2012年7-8月间收集的128份有效藏狐粪便样品(2011年68份,2012年60份)进行特异性PCR扩增,并用琼脂糖凝胶电泳和荧光引物标记法进行基因分型,根据各位点的等位基因频率计算出各位点的基因型数(N),期望杂合度(He)、观测杂合度(Ho)、多态信息含量(PIC)以及不同个体基因型相同概率值(PI).结果发现,各位点N介于4-7,He为0.66-0.80,Ho为0.17-0.68,PIC为0.5496-0.7623.11个位点的累积PI值满足个体识别的需要(PIbiased=1.283×10-11;PIsib =7.572×10-5).但是,由于粪便DNA质量差异较大,不同位点的扩增成功率差异较大(0.176-0.926).我们发现,按照扩增成功率由高到低排列,前6个微卫星位点(P03,CXX172,CPH6,CPH8,P01i,P08)的扩增成功率均超过0.6,且累积PI值小于0.004(PIbiased =2.775×10-7;PIsibs=3.606×10-3),表明这6个位点可以对藏狐进行个体识别.因此,针对本研究的数据,制定了如下的个体识别原则:(1)只有粪便DNA至少成功扩增出前6个微卫星位点的样品可以进入下一步分析;(2)所有位点的信息均相同的两个样品被认为是来自同一个体;(3)保险起见,如果仅有一对位点信息不相等,此两个样品依然被判定来自同一个体.在此基础上,我们从2011年样品中识别出30个藏狐个体,从2012年样品中识别出21个个体.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王正寰	华东师范大学生命科学学院	28	464	13.0	21.0
3	杨刚	华东师范大学生命科学学院	4	45	2.0	4.0
6	杨应远	华东师范大学生命科学学院	1	4	1.0	1.0
7	刘楠	华东师范大学生命科学学院	1	4	1.0	1.0
8	左清秋	华东师范大学生命科学学院	1	4	1.0	1.0
9	仁青彭措		1	4	1.0	1.0
10	谢飞		1	4	1.0	1.0