以基因通路富集法探索上皮性卵巢癌多药耐药相关生物学通路及功能性SNP位点

• 作者: 尹富强 张玮 李力 王琪 蔡祖艾
• 来源期刊: 中国癌症防治杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 卵巢肿瘤 上皮性卵巢癌 多药耐药 单核苷酸多态性 SNP芯片 基因通路富集分析
• 年，卷（期）: 2014,（2）
• 所属期刊栏目: 基础研究
• 页码范围: 127-132
• 页数: 6页
• 分类号: R737.31
• 字数: 3566字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-5671.2014.02.06

摘要

目的：借助生物信息学工具探索上皮性卵巢癌多药耐药相关的生物学通路及SNP位点。方法从基因表达综合数据库的GSE13813芯片数据中筛选出初次术后经铂类和紫杉醇类联合化疗的73例患者，其中22例为化疗耐药，51例为化疗敏感。采用PLINK软件进行等位基因关联检验分析，对差异表达的SNP位点（P<0.05）采用WebGestalt在线工具和DAVID进行基因通路富集分析，并筛选与上皮性卵巢癌多药耐药相关的共同通路。利用SciMiner工具检索上皮性卵巢癌多药耐药研究相关基因，并用上述方法进行通路分析以交叉验证。最后对通路涉及的SNP及其连锁位点采用Snpfunc网站进行功能预计。结果敏感组和耐药组共有4978个差异表达的SNP位点。通路分析显示黏附分子、钙离子信号和ErbB 信号途径与上皮性卵巢癌多药耐药相关。其中ErbB 信号在文献挖掘通路分析中得到交叉验证。11个连锁SNP可通过异常剪接、编码非同义氨基酸等方式改变基因功能，从而影响通路在上皮性卵巢癌联合化疗中的作用。结论通过基因通路富集方法找到3个与上皮性卵巢癌多药耐药相关的通路及一批可能影响通路的功能性SNP位点。检测这些位点有助于预测上皮性卵巢癌联合化疗的反应。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张玮	广西肿瘤防治研究所实验研究部	10	343	7.0	10.0
2	李力	南宁广西医科大学附属肿瘤医院妇瘤科	5	5	1.0	2.0
3	尹富强	广西医科大学医学科学实验中心	8	15	3.0	3.0
4	蔡祖艾	广西医科大学研究生学院	2	10	2.0	2.0
5	王琪	广西肿瘤防治研究所实验研究部	2	4	1.0	2.0