咖啡叶锈病菌转录组SSR信息分析

• 作者: 习金根 吴伟怀 易克贤 李锐 梁艳琼 贺春萍 邹海娟 郑肖兰 郑金龙
• 来源期刊: 热带作物学报
• 学科: 农学
• 关键词: 咖啡叶锈病菌 转录组 SSR
• 年，卷（期）: 2014,（8）
• 所属期刊栏目: 作物病虫害及防治
• 页码范围: 1592-1596
• 页数: 5页
• 分类号: S432.4
• 字数: 3178字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-2561.2014.08:024

摘要

咖啡叶锈病是咖啡一种毁灭性病害.利用GRAMENE网站提供的SSR鉴定工具SSRIT(Simple Sequence Repeat Identification Tool),对咖啡叶锈病菌8 310条无冗余的EST分别进行SSR鉴定.结果共搜查到1 292个1～6碱基SSR,出现频率最高的为三碱基重复基元类型,其次为二碱基重复基元类型与六碱基重复基元类型.分别为459、321与214个,其出现频率分别为35.5％、24.8％与16.6％.AT/AT为二核苷酸中优势重复类型,占其总数的49.8％;而ATC/ATG与AAG/CTr则为三核苷酸中优势重复类型,二者分别占三核苷酸SSR总数的23.5％与23.3％.进一步对SSR多态性进行了预测,从而筛选出长度在22 bp以上具有潜在多态性的SSR 223个.此结果对于咖啡叶锈病菌群体遗传变异、多样性和进化等研究提供了分子标记.