京海黄鸡生长性状与15个单核苷酸多态(SNP)位点的关联分析

• 作者: 唐莹 张跟喜 樊庆灿 王永娟 王金玉 薛倩 陈学森
• 来源期刊: 农业生物技术学报
• 关键词: 京海黄鸡 生长性状 全基因组关联分析(GWAS) 单核苷酸多态(SNP)
• 年，卷（期）: 2014,（8）
• 所属期刊栏目: 研究论文与报告
• 页码范围: 1009-1017
• 页数: 9页
• 字数: 5324字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-7968.2014.08.011

摘要

为筛选影响京海黄鸡(Gallus gallus)生长性状的单核苷酸多态(single nucleotide polymorphism,SNP)标记,寻找影响生长性状的关键基因,本研究利用SNP芯片分型技术,对396只京海黄鸡母鸡的15个SNPs位点直接进行SNP分型,并与京海黄鸡的12个生长指标进行关联分析,对关联分析显著的SNPs进行连锁不平衡分析和单倍型分析.结果表明,15个SNPs中,有9个与至少1个生长性状关联显著(P＜0.05);9个SNPs中有7个均与多个生长性状关联显著(P＜0.05).这些SNPs中,rs15497877、rs13972304、rs13553164、rs14917647和rs13973515与生长前期(BW2～BW8)和生长后期(BW10～BW16)的体重或日增重关联均为显著(P＜0.05),而rs316142388和rs14917305只与生长后期的体重或日增重关联显著(P＜o.05),rs314214528和rs13553485只与生长前期的体重或日增重关联显著(P＜0.05);同时,根据这些位点的群体遗传参数,发现9个SNPs的平均多态信息含量偏低,说明京海黄鸡有持续选育提高的可能性和必要性;分析9个SNP连锁不平衡性和单倍型,发现173.5～175.0Mb是一个连锁不平衡区域,具有较高的研究价值,其中,单倍型TTTCCTCAC频率达到32.4％,是十分重要的单倍型;本研究分析部分与关联显著SNPs的最近基因(核质蛋白α3(karyopherin alpha 3,KPNA3)、叉头转录因子O亚家族1(forkheadtranscription factor group O 1,FOXO1)和淋巴细胞白血病缺失7(deleted in lymphocytic leukemia 7,DLEU7))的功能,发现这些基因可以通过不同途径影响鸡的生长性状.研究结果有利于京海黄鸡乃至地方鸡种标记辅助选择的应用.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王金玉	扬州大学动物科技学院	172	1985	24.0	37.0
2	张跟喜	扬州大学动物科技学院	55	269	9.0	14.0
3	樊庆灿	扬州大学动物科技学院	3	25	3.0	3.0
4	唐莹	扬州大学动物科技学院	4	28	3.0	4.0
5	陈学森	扬州大学动物科技学院	3	15	1.0	3.0
6	薛倩	扬州大学动物科技学院	1	15	1.0	1.0
7	王永娟		3	21	2.0	3.0