甘蓝型油菜LPAT4基因克隆及其生物信息学分析

• 作者: 刘聪 官春云 熊兴华 肖旦望 胡学芳 邬克彬
• 来源期刊: 华北农学报
• 学科: 农学
• 关键词: LPAT4 甘蓝型油菜 同源建模分析 保守结构域 SNP
• 年，卷（期）: 2014,（3）
• 页码范围: 52-58
• 页数: 7页
• 分类号: Q78|S635.03
• 字数: 4468字
• 语种: 中文

摘要

为进一步研究油菜LPAT4基因,通过检索与拟南芥LPAT4序列相似度较高的油菜EST序列,拼接后与白菜和甘蓝的LPAT4序列进行同源比对,设计一对引物,从甘蓝型油菜湘油15中扩增全长LPAT4 CDs序列。共获得2条CDs序列,它们的长度分别为1143,1140 bp,分别命名为BnLPAT4-1和BnLPAT4-2。 BnLPAT4-1编码380个氨基酸,所得蛋白质的相对分子质量和等电点分别为43.29 kDa和8.74；BnLPAT4-2编码379个氨基酸,所得蛋白质的相对分子质量和等电点分别为43.16 kDa和8.93。他们均具有LPLAT_LCLAT1样结构域,同属于LPLAT超基因家族。比较所用油菜序列SNP分析显示,LPAT4共存在41个多态性位点,其中单变异位点7个,简约信息位点34个。这41个多态性位点中,引起同义变异的位点为23个,引起取代变异的位点18个,共导致16个氨基酸发生改变。分析表明,Bn-LPAT4-1和BnLPAT4-2为甘蓝型油菜湘油15号LPAT4基因的2个拷贝,从序列组成、理化性质、保守结构域以及同源建模4个方面来看,它们均具备LPLAT超基因家族的特征,为该基因家族的2个成员。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	官春云	湖南农业大学国家油料改良中心湖南分中心	326	5059	36.0	51.0
2	熊兴华	湖南农业大学作物基因工程重点实验室	26	339	11.0	18.0
3	刘聪	湖南农业大学作物基因工程重点实验室	11	23	3.0	4.0
4	邬克彬	湖南农业大学作物基因工程重点实验室	20	134	6.0	11.0
5	肖旦望	湖南农业大学作物基因工程重点实验室	5	11	2.0	3.0
6	胡学芳	湖南农业大学作物基因工程重点实验室	5	12	2.0	3.0