甘蔗MAP激酶基因SoMAPK4克隆与生物信息学分析

• 作者: 何姗珊 刘开雨 刘晓静 刘芳 卢双楠 方位宽 李容柏 李粲 李鸣 桑洪玉 梁朝旭 滕峥 邱永福
• 来源期刊: 南方农业学报
• 关键词: 甘蔗 MAP 基因克隆 SoMAPK4 生物信息学
• 年，卷（期）: 2012,（6）
• 所属期刊栏目: 作物遗传育种·种质资源·分子生物学
• 页码范围: 727-732
• 分类号: Q943.2|S566.1
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j:issn.2095-1191.2012.06.727

摘要

[目的]克隆甘蔗MAP激酶家族新基因的全长序列,为了解甘蔗抗逆胁迫机制提供依据.[方法]以新台糖22为材料,提取甘蔗幼叶总RNA并反转录为cDNA;利用已知物种MAP激酶基因核苷酸序列保守区设计引物,采用5′和3′端RACE技术克隆新基因全长,并进行生物信息学分析.[结果]克隆获得的甘蔗新基因与玉米ZmMAPK4同源性很高,达92.6％,将该基因命名为SoMAPK4(登录号JQ062930),基因全长1499 bp,其中开放阅读框(ORF)为1128 bp,5′非翻译区(UTR)为218 bp,3′非翻译区(UTR)为213 bp.生物信息学分析结果表明,SoMAPK4基因编码一个含376个氨基酸的蛋白质,分子量约43.5 kDa,等电点为5.51,含有11个保守的蛋白激酶亚区和MAP激酶的磷酸化位点TEY基序.[结论]克隆获得甘蔗MAP激酶新基因SoMAPK4,该基因可能参与多种胁迫反应的信号传递,是研究甘蔗非生物胁迫和生物胁迫过程中信号传递的一个关键因素.