苦荞C4H基因的cDNA克隆及生物信息学分析

• 作者: 侯思宇 刘荣华 孙朝霞 李红英 王丽
• 来源期刊: 山西农业大学学报(自然科学版)
• 关键词: 苦荞 肉桂酸-4-羟基化酶 电子克隆 生物信息学分析
• 年，卷（期）: 2017,（11）
• 所属期刊栏目: 作物遗传育种与栽培
• 页码范围: 767-773
• 页数: 7页
• 分类号: S515|Q94
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1671-8151.2017.11.004

摘要

[目的]为了解植物苯丙烷类代谢途径中关键酶——肉桂酸-4-羟基化酶基因结构特征及系统进化,拟克隆苦荞肉桂酸-4-羟基化酶(Cinnamate-4-hydroxylase,C4H)基因并进行生物信息学分析.[方法]本研究通过RT-PCR技术,克隆2个苦荞C4 H基因cDNA和DNA序列,并通过生物信息学分析其基因结构及蛋白理化性质,最大似然树法构建系统进化树.[结果]2个基因cDNA序列长度分别为1812 bp和1476 bp,各编码504和491个氨基酸残基.其DNA序列分别为2774 bp和2364 bp,均包含3个外显子和2个内含子,第1个外显子和2个内含子序列长度存在明显差异.蛋白分子量分别为58.002 kDa和56.401 kDa,等电点分别为9.18和9.09.2个基因编码氨基酸与苦荞肉桂酸-4-羟基化酶同源性分别为99%和86%,故暂且命名为FtC4 H1和FtC4 H2.FtC4 H1和FtC4 H2与其他物种直系同源蛋白聚为两类,FtC4 H1和FtC4 H2与莴苣和丹参同源蛋白亲缘关系较近,氨基酸序列同源性分别为88%和84%.[结论]本研究通过对苦荞2个C4 H基因的核酸、氨基酸序列、蛋白结构及系统进化树进行分析,为后续苯丙烷代谢途径及荞麦基因挖掘利用提供理论基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王丽	山西农业大学农学院	12	84	4.0	9.0
2	孙朝霞	山西农业大学农学院	19	64	5.0	7.0
3	刘荣华	山西农业大学农学院	2	10	2.0	2.0