利用不同G+C含量细菌基因组评估细菌ncRNA基因预测工具

• 作者: 刘林梦 欧竑宇 温权
• 来源期刊: 微生物学通报
• 关键词: 细菌ncRNA基因 基因组G+C含量 转录起始区域 转录终止区域 预测
• 年，卷（期）: 2014,（12）
• 所属期刊栏目: 点评文章
• 页码范围: 2583-2592
• 语种: 中文
• DOI: 10.13344/j.microbiol.china.140280

摘要

[目的]为识别已完成全测序细菌基因组中的ncRNA基因,对3个常用ncRNA预测工具sRNAPredict、PORTRAIT和sRNAscanner进行评估.[方法]选择了细菌ncRNA数据库BSRD收录的含有已知ncRNA基因数目大于30的9个细菌基因组,并按基因组G+C含量进行分类,比较sRNAPredict和PORTRAIT工具的预测准确性.提取不同G+C含量基因组中ncRNA基因转录起始和终止区的序列特征,对sRNAscanner预测结果进行评估.[结果]sRNAPredict对细菌ncRNA基因的预测特异性和阳性检出率均高于PORTRAIT,而敏感性则较差;两种工具预测效果均随基因组G+C含量不同而产生明显变化.在不同G+C含量的细菌基因组中,ncRNA基因启动子和终止子区域的序列特征有明显差异.利用这些序列特征能提高sRNAscanner预测ncRNA基因的平均水平.[结论]3种ncRNA基因工具预测效果随基因组G+C含量变化而不同.不同G+C含量基因组中ncRNA基因的转录起始和终止区特征可作为ncRNA基因预测的重要参数之一.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	欧竑宇	上海交通大学微生物代谢国家重点实验室生命科学技术学院	6	16	3.0	4.0
2	刘林梦	上海交通大学微生物代谢国家重点实验室生命科学技术学院	1	2	1.0	1.0
3	温权	上海交通大学微生物代谢国家重点实验室生命科学技术学院	1	2	1.0	1.0