牦牛 Agouti 基因的克隆及编码区多态性研究

• 作者: 吴晓云 张建一 张良斌 梁春年 裴杰 郭宪 阎萍
• 来源期刊: 华北农学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 牦牛 Agouti基因 克隆 生物信息学分析 多态性
• 年，卷（期）: 2014,（5）
• 页码范围: 59-65
• 页数: 7页
• 分类号: Q78
• 字数: 5746字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7668/hbnxb.2014.05.011

摘要

以Agouti基因作为牦牛毛色调控的候选基因，探索Agouti基因编码区序列多态性，以期为阐明Agouti与毛色形成的相关性及毛色形成机理奠定基础。根据GenBank已发表序列（ NM_206843）设计1对引物，以天祝白牦牛和黑色被毛甘南牦牛皮肤总RNA为模板，采用RT-PCR技术扩增，成功获得了牦牛Agouti基因编码区序列。采用生物信息学方法预测分析Agouti基因及其编码蛋白的基本理化性质、信号肽、疏水性、二级结构等；采用DNA混合池测序法和直接测序法，检测牦牛Agouti基因编码区的序列变异。结果表明，扩增得到的Agouti基因的编码区是一条长为593 bp的DNA序列。黑色甘南牦牛和天祝白牦牛皮肤的Agouti基因序列相同，并与黄牛基本一致。将牦牛的Agouti基因序列命名为YAK ASIP，并且在NCBI数据库中注册该基因的登录号为KJ630463。该基因含有一个长度为402 bp的开放性阅读框，编码133个氨基酸。 Agouti基因编码蛋白属于亲水性蛋白，有一个明显的信号肽，含有多个磷酸化位点。其二级结构主要以α螺旋和无规则卷曲为主。 Agouti基因编码产物氨基酸邻接系统树表明，牦牛Agouti与黄牛、绵羊等物种的Agouti氨基酸具有高度相似性，并且牦牛Agouti基因编码区中无多态性位点。