ChIP-seq比较分析人体心脏和脾脏的H3K9三甲基化差异

• 作者: 戴勇 曹翠辉 眭维国 薛雯 车文体 郭丽 陈洁晶
• 来源期刊: 基础医学与临床
• 学科: 生物学
• 关键词: H3K9me3 ChIP-seq 表观遗传学
• 年，卷（期）: 2014,（7）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 939-944
• 页数: 6页
• 分类号: Q593+.9
• 字数: 2541字
• 语种: 中文

摘要

目的 分析人体器官心脏和脾脏的H3K9me3的全基因图谱,以期发现H3K9三甲基化的修饰与组织特异性的表达、功能和发育具有相关性.方法 通过染色质免疫共沉淀的方法获取各标本DNA,通过qPCR验证ChIP结果,然后构建ChIP Sequencing文库,与目的基因组序列比对,获取比对Reads,接着进行全基因组的Peak分析,GO功能富集分析peak相关基因的生物学功能.结果 心脏和脾脏间有169个基因有显著地H3 K9me3差异,其中心脏中H3 K9me3的基因中有64个特殊基因,脾脏中H3 K9 me3的基因中有87个特殊基因.从这些基因中,挑选出8个表现H3K9 me3明显的基因,然后再从这8个基因中挑选出两个心脏和脾脏间表现H3K9 me3差异最明显的基因,分别是PTPN3和RBMS.结论 H3K9 me3差异可作为一个潜在的生物标志物或是表观遗传疾病的治疗靶点.