采用ChIP-chip技术分析大鼠肺成纤维细胞转分化前后全基因组蛋白H3K4三甲基化水平的改变

• 作者: 侯建勇 刘素娜 姚武 张红义 暴磊 李娟 王迪 郝长付 陈慧婷
• 来源期刊: 中国药理学与毒理学杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 成纤维细胞 二氧化硅 肺泡巨噬细胞 染色质免疫共沉淀 组蛋白H3赖氨酸4 甲基化
• 年，卷（期）: 2016,（7）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 728-735
• 页数: 8页
• 分类号: R965.2
• 字数: 5328字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3867/j.issn.1000-3002.2016.07.004

摘要

目的：研究经二氧化硅（SiO2）染毒的肺成纤维细胞（LF）转分化前后全基因组蛋白H3赖氨酸4（H3K4）三甲基化（met3）水平的改变。方法原代培养大鼠肺泡巨噬细胞（AM）和LF，采用transwell共培养，建立共培养模型，用100 mg·L-1游离SiO2粉尘染毒AM 24 h，收集LF细胞，免疫组织化学法对转分化后的LF进行表型鉴定。采用染色质免疫共沉淀联合芯片技术（ChIP-chip）对LF全基因组蛋白H3K4met3进行高通量筛选，采用染色质免疫共沉淀-实时荧光定量聚合酶联反应技术（ChIP-qPCR）验证芯片结果，采用定量逆转录聚合酶联反应技术（qRT-PCR）检测H3K4出现显著差异的mRNA表达水平。结果通过对经SiO2染毒前后LF全基因组蛋白H3K4met3水平的对比，共筛选出1815个基因存在H3K4显著性差异（Cy3/Cy5比值>2.0或<0.5，NimbleScan V2.5软件），其中518个基因出现H3K4met3程度增高，1297个基因H3K4met3程度降低。随机挑选2个差异表达基因nfib和kpna3，以ChIP-qPCR和qRT-PCR方法验证，取得与CpG岛芯片一致的结果。结论经SiO2染毒的LF转分化前后全基因组蛋白H3K4met3水平存在显著改变。ChIP-chip技术有利于进一步揭示矽肺纤维化发生的分子机制，有助于发现新的蛋白标志物和基因干预靶点。