基于ChIP-seq的差异组蛋白修饰区域的筛选

• 作者: 刘洪波 崔颖 张岩 王芳 祝让飞 苏建忠
• 来源期刊: 生物信息学
• 学科: 生物学
• 关键词: 组蛋白修饰差异 高通量数据处理 表观遗传修饰
• 年，卷（期）: 2014,（2）
• 所属期刊栏目: 研究快报
• 页码范围: 151-156
• 页数: 6页
• 分类号: Q81
• 字数: 4422字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-5565.2014.02.12

摘要

组蛋白修饰是在基因组水平上起到重要调控作用的表观遗传修饰，随着ChIP-Seq的广泛使用，高通量数据的积累，为从全基因组研究组蛋白修饰模式奠定了基础。但目前缺乏在多样本间筛选疾病相关的调控区域的方法，因而本文开发了一种多细胞系的差异筛选算法来识别差异组蛋白修饰区域。本文通过窗口移动法来估计组蛋白修饰水平，并根据信息熵理论定量各个细胞系之间的差异。基于随机背景来确定差异显著性阈值。利用此算法来筛选人类全基因组9个细胞系间H3K4me3差异的区域，结果显示这些区域显著富集在基因启动子上和其他重要的染色质状态上，且与先前人们发现的活性启动子染色质状态显著重叠。通过文献挖掘进一步证实了与白血病相关的基因组标记。这些结果表明基于熵的策略可有效地挖掘多细胞系间以及与疾病相关的差异组蛋白修饰。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	崔颖	哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院	21	47	4.0	4.0
2	张岩	哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院	51	157	6.0	9.0
3	王芳	哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院	34	139	6.0	11.0
4	刘洪波	哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院	10	25	3.0	4.0
5	苏建忠	哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院	12	32	4.0	4.0
6	祝让飞	哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院	1	5	1.0	1.0