生物序列数据K-mer频次统计问题的算法

• 作者: 何继凌 张鑫鑫 徐云 陈波
• 来源期刊: 计算机系统应用
• 关键词: k-mer k-mer计数 频次统计 逆向遍历 生物信息处理
• 年，卷（期）: 2014,（4）
• 所属期刊栏目: 软件技术?算法
• 页码范围: 121-124,158
• 页数: 5页
• 字数: 3313字
• 语种: 中文

摘要

生物序列的k-mer频次统计是生物信息处理中一个非常基础且重要的问题.本文针对多序列在对齐模式下，不同偏移处一段长度范围内的k-mer频次统计问题进行了研究.提出了一种逆向遍历k-mer计数算法BTKC.该算法能够充分利用长度的k-mer统计信息，快速得到长度的k-mer统计信息，从而避免了统计任意长度的k-mer频次信息时都需要对所有序列进行遍历.算法的时间复杂度分析及实验结果表明，相比于传统的前向遍历 FTKC算法， BTKC算法性能提升非常明显，且其时间复杂度与k-mer长度的变化范围无关，非常适合于在k-mer长度变化范围较大的情况下使用.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	陈波	中国科学技术大学计算机科学与技术学院	167	1116	17.0	24.0
3	徐云	中国科学技术大学计算机科学与技术学院	79	411	13.0	16.0
9	张鑫鑫	中国科学技术大学计算机科学与技术学院	3	5	2.0	2.0
13	何继凌	中国科学技术大学计算机科学与技术学院	1	2	1.0	1.0