DNA序列分析系统的开发应用

• 作者: 张玉冰 李晓艳
• 来源期刊: 电脑知识与技术：学术交流
• 学科: 工学
• 关键词: 模糊C均值 特征片段 系统开发
• 年，卷（期）: 2014,（8）
• 页码范围: 5220-5222
• 页数: 3页
• 分类号: TP311

摘要

20世纪90年代,人类基因组计划的启动,有力推动了DNA测序工作的发展。寻找某些特征片段（功能片段）在序列中的分布规律,对遗传学、生物信息学等都有重要的应用意义。在教学、研究中发现,应用数学分析软件MATLAB的字符串处理功能,可以容易地达到功能片段分析的目的,本系统通过分析DNA序列链之间的关联程度,构造出特征矩阵,根据模糊C均值算法较准确的对DNA序列的集合进行了分类,同时利用matlab的图像显示功能将聚类的最终结果清楚明了的显示在图像中,使用户能清楚的看到聚类效果。本系统主要研究了DNA链碱基序列分析、多个DNA链特征矩阵提取、模糊C均值聚类算法分类DNA等三大部分。首先该系统对DNA序列的总长度和功能序列的长度进行了测量,利用一维数组确定功能片段在DNA序列中的位置特征,从而完成了对DNA碱基序列的分析;其次该系统对用户给出的数个DNA链进行序列之间的特征分析,统计出每个序列的（A,T,C,G）碱基密度,得到一个特征矩阵,有效的为模糊聚类分析方法提供数据来源。最终该系统应用模糊C均值聚类算法,利用特征矩阵的数值,将数个DNA序列聚类并分为两类。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李晓艳	河南师范大学计算机与信息工程学院	15	50	5.0	6.0
2	张玉冰	河南师范大学计算机与信息工程学院	8	4	1.0	2.0