细粒棘球绦虫原头蚴mRNA测序及表达谱分析

• 作者: 巨艳 朱明星 李君良 李子华 王娅娜 赵嘉庆 赵巍
• 来源期刊: 中国人兽共患病学报
• 学科: 医学
• 关键词: 原头蚴 转录组学 生物信息分析 表达谱
• 年，卷（期）: 2015,（1）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 21-25
• 页数: 5页
• 分类号: R383.3
• 字数: 3649字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/cjz.j.issn.1002-2694.2015.01.005

摘要

目的 通过对细粒棘球绦虫原头蚴的mRNA的测序及表达谱分析,初步建立起细粒棘球绦虫原头蚴的表达谱数据库,了解细粒棘球绦虫原头蚴基因表达及蛋白构成情况,为全面了解细粒棘球绦虫原头蚴生物学特征及寄生虫与宿主之间的关系奠定基础并为新的诊断方法、筛选新的药物靶点和疫苗候选分子选择提供理论依据.方法 用TRIZOL法提取人源细粒棘球绦虫原头蚴的总RNA,构建细粒棘球蚴的转录组测序文库,Illumina的solexa测序平台对RNA进行测序并进行生物信息学分析.结果 测序结果去杂后得到2G数据,通过从头拼接我们得到18 569个contig,这些contig的总长度为71 329 bp,contig平均长度为384 bp,最小的contig长度为201 bp,最大contig长度为4 618 bp,N50(覆盖50％所有核苷酸的最大序列重叠群的长度)为384 bp.预测得到unigene为9 029条,将这9 029条基因与NCBI的nr数据库做blast比对,最终有7 441条unigene具有同源比对信息.结论 根据GO分析可以发现,共有10 550条unigene与数据库中的基因有较高同源性,且较多的unigene可以与多条基因相对应,一共建立了10 550条对应关系.通过与KEGG数据库进行比对分析,细粒棘球绦虫原头蚴的转录组中有4 731条unigene得到注释,这4 731个得到注释的基因位于241条代谢通路中,这些代谢通路分别与代谢过程,基因信息过程,环境相关过程,细胞过程及与人类疾病相关.