全基因组预测樟疫霉的候选效应分子

• 作者: 韩长志
• 来源期刊: 南京林业大学学报（自然科学版）
• 学科: 农学
• 关键词: 樟疫霉 候选效应分子 全基因组 分泌蛋白
• 年，卷（期）: 2015,（2）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 69-74
• 页数: 6页
• 分类号: S763
• 字数: 5309字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-2006.2015.02.012

摘要

为了更好地研究樟疫霉的致病机制及防治方法，笔者基于病原菌效应分子具有的典型特征，利用SignalP、ProtComp、TMHMM、big?PI Fungal Predictor和TargetP等生物信息学预测程序对樟疫霉中328457条蛋白质序列进行候选效应分子找寻，发现该菌含有3439个小分子分泌蛋白，同时，对上述蛋白进行冗余性、半胱氨酸数量以及信号肽长度等性质进行分析。结果表明：上述分泌蛋白中存在较多的冗余性蛋白，所占比例为50％以上，并以含有1～10个半胱氨酸、17～26个氨基酸信号肽的分泌蛋白居多。另外，利用卵菌中效应分子所具有的保守基序RXLR，对拥有唯一氨基酸序列的1549个分泌蛋白进行基序找寻，明确樟疫霉中存在160个候选效应分子。通过上述生物信息学分析方法可实现樟疫霉候选效应分子的预测。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	韩长志	西南林业大学林学院云南省森林灾害预警与控制重点实验室	74	325	9.0	16.0