希金斯刺盘孢全基因组候选效应分子的预测

• 作者: 周而勋 杨媚 王陈骄子 陈琦光
• 来源期刊: 热带作物学报
• 学科: 农学
• 关键词: 希金斯刺盘孢 效应分子 信号肽 十字花科植物炭疽病 生物信息学
• 年，卷（期）: 2015,（6）
• 所属期刊栏目: 生物技术与组织培养
• 页码范围: 1105-1111
• 页数: 7页
• 分类号: S436.34
• 字数: 6286字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-2561.2015.06.015

摘要

希金斯刺盘孢(Colletotrichum higginsianum Sacc.)是一种世界性分布的重要植物病原真菌,可引起严重的十字花科植物炭疽病,影响作物品质并造成严重的经济损失.效应分子在植物病原真菌侵染寄主植物过程中发挥着重要的作用.根据已公布的希金斯刺盘孢的全基因组信息,以其全基因组蛋白序列为材料,通过生物信息学方法,对其候选效应分子及其功能进行了预测和分析.首先利用SignalP、TMHMM、Protcomp、big-PI Predictor和TargetP程序依次预测出其分泌类型的蛋白,再通过其序列大小和半胱氨酸含量作进一步筛选,最后利用blastp工具与非冗余蛋白质数据库进行比对,找出数据库中没有蛋白同源性的序列,从而获得候选效应分子;同时对希金斯刺盘孢全基因组的16 150个蛋白序列进行分析,最终预测到135个符合条件的候选效应分子,而大多数都是功能未知的假定蛋白.本研究采用生物信息学分析方法预测出了希金斯刺盘孢的候选效应分子,为进一步研究这些效应分子的功能奠定了基础,其研究技术和手段也为其它真菌效应分子的预测提供了重要的参考资料.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	杨媚	华南农业大学农学院植物病理学系	54	858	18.0	27.0
2	周而勋	华南农业大学农学院植物病理学系	64	1164	19.0	31.0
3	陈琦光	华南农业大学农学院植物病理学系	3	40	3.0	3.0
4	王陈骄子	华南农业大学农学院植物病理学系	2	17	1.0	2.0