志贺菌成簇的规律间隔短回文重复序列的检测及同源性分析

• 作者: 杨海燕 段广才 王琳琳 王颖芳 王鹏飞 薛泽润 郗园林 郭向娇
• 来源期刊: 吉林大学学报（医学版）
• 学科: 生物学
• 关键词: 志贺菌 成簇的规律间隔短回文重复序列 重复序列 间隔序列 同源性
• 年，卷（期）: 2015,（2）
• 所属期刊栏目: 基础研究
• 页码范围: 261-268,后插3
• 页数: 9页
• 分类号: Q93
• 字数: 5391字
• 语种: 中文
• DOI: 10.13481/j.1671-587x.20150211

摘要

目的:检测志贺菌成簇的规律间隔短回文重复序列(CRISPR),并与GenBank全基因组中志贺菌重复序列和间隔序列对比,分析其结构特征及同源性.方法:利用PCR法扩增获得志贺菌CRISPR,采用生物信息学方法对重复序列及间隔序列进行同源性分析;运用多序列比对分析间隔序列特点及其与侧翼序列间的联系;BLAST分析间隔序列与质粒和噬菌体的同源性;weblogo分析重复序列碱基频率及RNAfold预测其RNA二级结构;重复序列的同源聚类分析并用BLAST分析重复序列与其他细菌的同源性.结果:被测3株临床志贺菌及9株全基因组志贺菌中均含有不同数量CRISPR;同一个CRISPR中,间隔序列有的相似、有的完全不同,某些CRISPR间隔序列的部分序列与CRISPR侧翼序列存在同源性,某些间隔序列可能是信息基因和操纵基因的拼接重组;重复序列保守性不一致,可能与细菌进化存在一定的联系,重复序列碱基的差异影响茎的长度,从而影响二级结构的稳定性及CRISPR的功能.重复序列与个别远缘菌种具有较高的同源性.结论:志贺菌存在多样的CRISPR结构,不同CRISPR的重复序列保守性不同.某些间隔序列部分与CRISPR侧翼序列同源,某些间隔序列是多基因拼接而成.