一种新的沙门氏菌成簇重复序列的预测方法

• 作者: 汪业军 程希 胡跃明 郭志荣
• 来源期刊: 基础医学与临床
• 学科: 医学
• 关键词: 重复序列 沙门氏菌 PipMaker 成簇的 规律间隔的短回文重复序列 数目可变串联重复序列
• 年，卷（期）: 2017,（2）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 150-155
• 页数: 6页
• 分类号: Q933|R378.2
• 字数: 1677字
• 语种: 中文

摘要

目的：建立一个新的、直观的鉴定和显示细菌基因组成簇重复序列的方法，了解沙门氏菌基因组成簇重复序列的组成特征。方法直接将细菌的基因组用滑动窗口法切割成重叠片段，每一个片段自体比对，利用PipMaker生成共线性图。通过共线性图特征识别成簇重复序列区。结果用所设计方案－成簇重复序列预测器（ CRpred）对鼠伤寒沙门氏菌LT2菌株基因组进行扫描，总共鉴定出151个成簇重复区。特征分析表明，这些成簇重复区包含低拷贝简单串联重复、高拷贝简单串联重复、间隔串联重复、反向回文重复和反向间隔重复等5种类型。此外，沙门氏菌基因组中有9个复杂重复区域无法使用上述模式进行归类。结论提出了一个新的、简便直观的基因组成簇重复序列的鉴定方法，为搜寻成簇的、规律间隔的短回文重复序列（CRISPR）、数目可变串联重复序列（VNTR）以及其他重复序列相关研究提供支持。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	郭志荣		8	27	2.0	5.0
3	汪业军	深圳大学医学部基础医学院细胞生物学和遗传学系	4	5	1.0	2.0
4	程希	深圳大学医学部基础医学院细胞生物学和遗传学系	2	2	1.0	1.0
5	胡跃明	深圳大学医学部基础医学院细胞生物学和遗传学系	2	2	1.0	1.0