志贺菌中成簇的规律间隔短回文重复序列的特点及其关联性分析

• 作者: 张晓萌 段广才 王颖芳 王鹏飞 詹煜慧 郗园林
• 来源期刊: 吉林大学学报（医学版）
• 学科: 生物学
• 关键词: 志贺菌 成簇的规律间隔短回文重复序列 间隔序列 基因外重复序列
• 年，卷（期）: 2018,（6）
• 所属期刊栏目: 基础研究
• 页码范围: 1131-1137
• 页数: 7页
• 分类号: Q93
• 字数: 4526字
• 语种: 中文
• DOI: 10.13481/j.1671-587x.20180604

摘要

目的:利用数据库和临床分离的志贺菌菌株分析志贺菌中成簇的规律间隔短回文重复序列(CRISPR)的特点,探讨CRISPR-Q1的特性及CRISPR间的关联性.方法:根据志贺菌基因组数据库利用引物序列和PCR扩增获得志贺菌的CRISPR序列信息,采用多序列比对等方法获得每个菌株中CRISPR的分布、间隔序列数及序列特点;利用BLAST分析CRISPR-Q1中重复序列和间隔序列,检测重复序列和间隔序列在菌株中的分布特点以及CRISPR-Q1在菌株中的位置及特征;分析数据库和实验室中志贺菌CRISPR-Q1中间隔序列数与CRISPR1或CRISPR2的关系.结果:在数据库107株志贺菌中,106株志贺菌含有CRISPR1或CRISPR2,8株志贺菌的CRISPR1或CRISPR2含有多个间隔序列;106株志贺菌含有CRISPR-Q1,其中有13株志贺菌的CRISPR-Q1中有多个间隔序列.在实验室12株志贺菌中,有6株含有CRISPR1或CRISPR2,12株均含有CRISPR-Q1;CRISPR-Q1间隔序列中的一部分(约35 bp)在同一个菌株的染色体基因组上分布广泛,重复序列同样如此,CRISPR-Q1中还存在基因外重复序列(REP)元素.数据库志贺菌中的CRISPR-Q1间隔序列数与CRISPR1和CRISPR2有关联(χ2=61.6,P<0.01),实验室志贺菌中的CRISPR-Q1间隔序列数与CRISPR1和CRISPR2有关联(P=0.015).结论:CRISPR-Q1在志贺菌中广泛分布,其序列中存在REP元素;志贺菌的CRISPR1和CRISPR2与CRISPR-Q1有关联.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	段广才	郑州大学公共卫生学院流行病学教研室	174	980	15.0	21.0
2	王颖芳	河南科技大学医学院公共卫生教研室	28	53	4.0	6.0
4	郗园林	郑州大学公共卫生学院流行病学教研室	119	673	13.0	20.0
5	王鹏飞	郑州大学公共卫生学院流行病学教研室	17	86	5.0	9.0
11	詹煜慧	河南科技大学医学院	3	0	0.0	0.0
12	张晓萌	河南科技大学医学院	2	0	0.0	0.0